Monitoramento de fungos anemófilos no ambiente de uma biblioteca no Município de São José do Rio Preto - Sp, Brasil / Anemophilic fungi monitoring in a library environment in the city of São Jose do Rio Preto, Brazil

Os fungos desempenham vários papéis que impactam a humanidade de diversas maneiras. Suas características metabólicas são importantes na biotecnologia, porém, tais microrganismos podem desencadear alguns problemas de saúde pública e até mesmo serem letais. Objetivo: detectar a presença de fungos no acervo de uma biblioteca no município de São José do Rio Preto. Metodologia: foram coletadas quarenta amostras nas superfícies inanimadas (livros, estantes, documentos, mapas, artigos e revistas) das principais salas da biblioteca com o auxílio de swabs umedecidos em solução salina estéril, posteriormente encaminhados ao laboratório de Biomedicina da Universidade Paulista ­ UNIP. As amostras foram semeadas em meio de cultura ágar Sabouraud Dextrose (SDA), tendo adicionado cloranfenicol e incubadas a 30 °C. Foi realizada a colônia gigante em todas as cepas crescidas em SDA para a realização da técnica de microcultivo para a identificação dos fungos, de acordo com o Manual de Detecção e Identificação dos Fungos de Importância Médica da Agência Nacional de Vigilância Sanitária. Resultados: Houve positividade em trinta e uma amostras (78%) e em quatro delas foi observado mais de um tipo de colônia (13%). Das vinte e duas superfícies de livros analisadas, foram isolados e identificados: Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Cunninghamella sp., Cladosporium sp., Curvularia sp., Mucor sp. e Nigrospora sp. Nas oito superfícies de estantes: Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Aspergillus versicolor, Penicillium sp. e Scopulariopsis sp. e, nos dez documentos: Aspergillus nidulans, Aspergillus sp., Cladosporium sp., Cunninghamella sp. e Trichoderma sp. Conclusão: Os fungos encontrados estão amplamente distribuídos no ambiente como solo e ar e, por diversos fatores, instalam-se em locais como bibliotecas. Em condições favoráveis, podem infectar o homem e causar perdas patrimoniais para os acervos.

Fungi play many roles that impact humankind in different ways. Their metabolic characteristics are important in biotechnology; however, these microorganisms can trigger some public health problems or may even be lethal. Objective: detect the presence of fungi in the collection of a public library in the city of São José do Rio Preto, Brazil. Methods: a total of forty samples were collected from inanimate surfaces (books, shelves, documents, maps, articles and magazines) located in the main rooms of the library with swabs soaked in sterile saline solution and sent to the Universidade Paulista ­ UNIP laboratories. The samples were plated in Sabouraud Dextrose Agar (SDA) supplemented with chloramphenicol and incubated at 30 °C. The colonies that grew in SDA were isolated in Potato Dextrose Agar for performing the slide culture technique for the identification of the fungi, performed according to the Manual of Detection and Identification of Fungi of Medical Importance from the Brazilian Health Surveillance Agency (ANVISA). Results: Thirty-one samples (78%) were positive, and in four of them more than one fungus genus was observed (13%). From the twenty-two book surfaces analyzed, the following fungi were isolated and identified: Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Cunninghamella sp., Cladosporium sp., Curvularia sp., Mucor sp. and Nigrospora sp. On the eight shelves: Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Aspergillus versicolor, Penicillium sp. and Scopulariopsis sp. The ten documents analyzed presented the following fungi: Aspergillus nidulans, Aspergillus sp., Cladosporium sp., Cunninghamella sp. and Trichoderma sp.. Conclusion: These fungi are widely distributed in the environment such as in the soil and air, and due to several factors, they colonize public places, such as libraries. In favorable conditions, they may infect humans and cause diseases.

Eficácia do uso do álcool etílico 70% na antissépsia da pele antes da coleta de sangue / Efficacy of 70% ethyl alcohol use o9n skin antissepsia before blood collection

Objetivo ­ Quantificar a presença de agentes da flora microbiana da pele de usuários da sala de coleta de uma unidade básica de saúde ­ UBS, assim como verificar a eficácia da antissepsia da pele com o uso do álcool etílico 70% prévia à coleta de sangue. Métodos ­ A coleta da região antecubital do braço dos 40 pacientes selecionados aleatoriamente, foi realizada antes e após antissepsia do local com álcool etílico 70%, com auxílio de um swab embebido em solução fisiológica estéril para posterior transporte e processamento o qual foi realizado no laboratório escola da Universidade Paulista UNIP, campus JK, São José do Rio Preto. Resultados ­ Das 80 amostras (40 antes da antissepsia e 40 depois da antissepsia) coletadas, foi observada uma redução de 87,01% do número de colônias de micro-organismos identificados como cocos e bacilos Gram-positivos, catalase positivos. Conclusão ­ Os resultados da pesquisa permitem concluir que o álcool etílico a 70% é eficaz na antissepsia da pele e que a antissepsia com álcool etílico 70% reduz a flora microbiana da pele conferindo maior segurança e liberdade de riscos ao procedimento prévio à coleta de sangue.

Objective ­ To quantify the presence of agents of the microbial flora of the skin of patients in the collection room of a hospital (UBS) as well as to verify the efficacy of skin antisepsis with the use of 70% ethyl alcohol prior to blood collection. Methods ­ The collection of the antecubital region of the arm of the 40 randomly selected patients was performed before and after site antisepsis with 70% ethyl alcohol, with the aid of a swab soaked in sterile solution for subsequent transportation and processing, which was performed in the laboratory University of São Paulo UNIP, JK campus, São José do Rio Preto. Results ­ From the 80 samples (40 before antisepsis and 40 after antisepsis) collected, a reduction of 87.01% in the number of colonies of microorganisms identified as cocci and gram positive bacilli, catalase positive, was observed. Conclusion ­ The results of the research allow us to conclude that 70% ethyl alcohol is effective in antisepsis of the skin and that antisepsis with 70% ethyl alcohol reduces the microbial flora of the skin giving greater safety and reduced risk to the procedure prior to blood collection

Isolamento e identificação de bactérias presentes em superfícies inanimadas de uma unidade básica de saúde no interior de São Paulo / Isolation and identification bacteria present in inanimate surfaces of a basic health units in the state of São Paulo

Objetivo ­ Identificar e isolar bactérias em superfícies inanimadas de uma Unidade Básica de Saúde no interior de São Paulo e verificar a suscetibilidade bacteriana frente aos antibióticos testados. Métodos ­ Foram coletadas 60 amostras de superfícies inanimadas de uma Unidade Básica de Saúde realizado um esfregaço da superfície utilizando um swab umidificado em solução salina estéril e inoculado em caldo BHI. Após foram semeadas em meio de cultura não seletivo e identificadas através de coloração de gram, catalase, crescimento no manitol, coagulase, DNAse, fermentação da lactose, EPM, Mili e Citrato. O teste de suscetibilidade antimicrobiana por difusão de disco foi aplicado. Resultados ­ Das 60 superfícies inanimadas analisadas, 59 (98,3%) estavam contaminadas, sendo 29% (17) contaminadas por Staphylococcus aureus, 71,1% (41) por Staphylococcus coagulase negativa e 72,9% por enterobactérias (20,9% Escherichia coli, 16,3% Citrobacter freundii, 13,9% Serratia marcescens, 13,9% Serratia liquefaciens, 7% Salmonella paratyphi, 7% Klebsiella pneumoniae, 4,6% Shigella sp., 4,6% Yersinia enterocolitica, 2,3% Klebsiella oxytoca, 2,3% Serratia odorifera, 2,3% Providencia sp. e 2,3% Enterobacter sp.). Foi observada uma multirresistência dessas bactérias frente aos antibióticos testados. Conclusão ­ A contaminação em superfícies inanimadas, assim como o perfil de resistência microbiana, foram evidentes na UBS analisada, resultados estes que demonstram a necessidade de uma maior vigilância no que diz respeito ao controle de infecções, assim ao que se refere a reavaliação das estratégias de limpeza e desinfecção dessas superfícies inanimadas

Objective ­ Identify and bacteria isolates on inanimate surfaces of a Basic Health Unit in the interior of São Paulo and to verify the bacterial susceptibility against the tested antibiotics. Methods ­ Sixty samples of inanimate surfaces from a Basic Health Unit were collected by swabbing the surface using a swab humidified in sterile saline and inoculated into BHI broth. After sowing in non-selective culture medium and identified by staining of gram, catalase, growth in mannitol, coagulase, DNAse, fermentation of lactose, EPM, Mili, Citrate. The antimicrobial susceptibility test by disk diffusion were applied. Results ­ Of the 60 inanimate surfaces analyzed, 59 (98.3%) were contaminated, with 28.9% (17) being contaminated by Staphylococcus aureus, 71.1% (42) Staphylococcus coagulase negative and 72.9% by enterobacteria (20.9% Escherichia coli, 16.3% Citrobacter freundii, 13.9% Serratia marcescens, 13.9% Serratia liquefaciens, 7% Salmonella paratyphi, 7% Klebsiella pneumoniae, 4.6% Shigella sp., 4.6% Yersinia enterocolitica, 2.3% Klebsiella oxytoca, 2.3% Serratia odorifera, 2.3% Providencia sp. e 2.3% Enterobacter sp.) A multiresistance of these bacteria was observed against the tested antibiotics. Conclusions ­ The contamination on inanimate surfaces, as well as the microbial resistance profile, were evident in the Basic Health Unit analyzed, which results demonstrate the need for greater vigilance with regard to infection control, as well as the reevaluation of strategies for cleaning and disinfecting these inanimate surfaces.

Isolamento e identificação de bactérias presentes em estojos de lentes de contato / Isolation and indentification of bacteria presents of contact lens cases

Objetivo ­ Esta pesquisa teve o intuito de realizar um estudo microbiológico em estojos de lentes de contato, bem como correlacionar com os hábitos de higiene dos usuários. Métodos ­ Após aprovação do comitê de ética, 50 estojos de lente de contato foram cedidos por acadêmicos voluntários, os quais também responderam a um questionário contendo dados pessoais, assim como sobre a forma de manipulação das lentes. As amostras foram coletadas da superfície interna do estojo, isoladas em meios de cultura e identificadas através de provas bioquímicas específicas. Resultados ­ Dos 50 estojos, 49 (98%) apresentaram crescimento de microrganismos, tais como Staphylococcus sp (27), Staphylococcus aureus (9), Serratia liquefaciens (4), Citrobacter freundii (2), Escherichia coli (1) e Hafnia alvei (1), sendo que em um estojo foi identificado ambas as bactérias Staphylococcus aureus e Serratia liquefaciens. As lentes mais utilizadas (96% dos usuários) foram dos tipos gelatinosas descartáveis, seguida do tipo rígida (4%). O uso terapêutico esteve presente em 76% dos usuários, já o uso estético em 24%. O tempo de uso das mesmas lentes foi de 30 dias até quatro anos. Quando questionados sobre higienização, 34% afirmaram lavar as mãos sempre que manipulavam as lentes, 10% armazenavam os estojos em locais fechados, enquanto os outros 84% armazenavam em gabinetes de banheiros ou expostos sobre as pias. Em relação a incômodos na utilização, 32% relataram prurido, ardência ou vermelhidão. Conclusão ­ A falta de cuidado na higienização e no armazenamento do

Objective ­ This research aimed to carry out a microbiological study in contact lens cases, as well as to correlate with users' hygiene habits. Methods ­ After approval by the ethics committee, 50 contact lens cases were provided by volunteer academics, who also answered a questionnaire containing personal data, as well as how to manipulate the lens. Samples were collected from the inner surface of the kit, isolated in culture media and identified by specific biochemical tests. Results ­ Of the 50 kits, 49 (98%) showed growth of microorganisms such as Staphylococcus sp (27), Staphylococcus aureus (9), Serratia liquefaciens (4), Citrobacter freundii (2), Escherichia coli (1) and Hafnia alvei (1), and in one kit both Staphylococcus aureus and Serratia liquefaciens bacteria were identified. The most used lenses (96% of users) were of the disposable soft types, followed by the rigid type (4%). Therapeutic use was present in 76% of users, while aesthetic use in 24%. The wearing time of the same lenses was from 30 days to four years. When asked about sanitation, 34% said they washed their hands whenever they manipulated the lenses, 10% stored the cases indoors, while the other 84% stored in bathroom cabinets or exposed on the sinks. Regarding discomfort in use, 32% reported itching, burning or redness. Conclusions ­ The lack of care in the hygiene and storage of the cases were extremely important for its microbiological contamination, answering the hypothesis raised at the beginning of the study.

Bactérias causadoras de infecções urinárias e seu perfil de resistência aos antimicrobianos / Bacteria who causes urinary tract infection and their antimicrobial resistance profile

Objetivo ­ Identificar quais os microrganismos responsáveis por esta infecção e seu perfil de resistência aos antimicrobianos. Metódos ­ A pesquisa foi realizada no Laboratório CDAC-Centro de Diagnósticos de Análises Clínicas, situado no município de Nova Granada - SP. Foram analisadas amostras de uroculturas positivas e seus respectivos antibiogramas, cujos resultados foram obtidos através de laudos laboratoriais digitais no período de janeiro de 2017 a janeiro de 2018 e à partir da realização dessa coleta de dados, foi feito um levantamento dos principais agentes patológicos causadores das infecções do trato urinário que atingem a população do município, assim como foi verificado o perfil de suscetibilidade aos antibioticos testados. Resultados ­ O uropatógeno mais frequente foi Escherichia coli (N = 58/136; 43%), seguido por Enterobacter sp. (N = 30/136; 22%), Klebsiella sp. (N = 15/136; 11%), Shigella sp. (N = 10/136; 7%), Proteus vulgaris. (N = 6/136; 4,5%), Citrobacter sp. (N = 5/136; 3,5%), Providencia sp. (N = 4/136; 3%), Proteus mirabilis. (N = 4/136; 3%), Edwardsiella sp. (N = 2/136; 1,5%) e Proteus sp. (N = 2/136; 1,5%). Oxacilina e ácido nalidixico apresentaram menor poder inibitório contra os uropatógenos encontrados. Conclusão ­ O uropatógeno mais frequente foi Escherichia coli,seguido por Enterobacter sp., Klebsiella sp. e Shigella sp. Os dados aqui relatados demonstram que a etiologia das infecções urinárias é semelhante à encontrada em outros municípios. Porém, o padrão de resistência desses uropatógenos pode possuir características diferenciadas de acordo com o histórico de consumo de antimicrobianos em cada comunidade. Assim, é importante que dados epidemiológicos sejam periodicamente divulgados com a intenção de auxiliar a comunidade médica

Objective ­ To identify the responsible microorganisms for the urine infection and their antimicrobial resistance profile. Methods ­ We carried out the research at the Laboratory-Diagnostic Center for Clinical Analysis (CDAC), located at the Nova Granada city. We analyzed samples of positive urocultures and their respective antibiograms, whose results were taken through laboratory reports from January 2017 to January 2018 and from the data gathering. We performed a data survey of the main pathological agents who causes infections in the urinary tract affecting the city's population, as well as the susceptibility profile of the antibiotics tested. Results ­ Escherichia coli (N = 58/136, 43%) was the most frequent uropathogen identified, followed by Enterobacter sp. (N = 30/136, 22%), Klebsiella sp. (N = 15/136, 11%), Shigella sp. (N = 10/136, 7%), Proteus vulgaris (N = 6/136, 4,5%), Citrobacter sp. (N = 5/136; 3,5%), Providencia sp. (N = 4/136, 3%), Proteus mirabilis (N = 4/136, 3%), Edwardsiella sp. (N = 2/136, 1.5%), and Proteus sp. = 2/136, 1.5%). Oxacillin and nalidixic acid showed lower inhibitory power against the found uropathogens. Conclusion ­ Escherichia coli was the most frequent uropathogen found, followed by Enterobacter sp, Klebsiella sp and Shigella sp. We demonstrate with the data reported here that the etiology of urinary infections of our research is similar to the found in other cities. However, the antimicrobial resistance profile of these uropathogens may have different characteristics according to the history of antibiotics use in each community. It is therefore important that epidemiological data be periodically disclosed with the intention of assisting the medical community

Origin, tempo, and mode of the spread of DENV-4 Genotype IIB across the state of São Paulo, Brazil during the 2012-2013 outbreak

BACKGROUND Dengue virus type 4 (DENV-4) was first reported in Brazil in 1982 and since then no more cases were detected again in Brazil until 2010, when the virus was reintroduced. Over the following years, the virus spread to several Brazilian states and resulted in about 1,400,000 dengue cases, in 2013. The largest number of cases were documented in the Southeast macro-region. OBJECTIVES To determine the phylogeography of DENV-4 Genotype IIB strains isolated during the epidemics in 2012-2013 in São Paulo, Brazil, we aimed to contextualise the contribution of viruses sampled in different localities across the overall movement of DENV-4 in Brazil. METHODS Based on the envelope gene sequences retrieved from GenBank, we employed a Bayesian phylogeographic approach to assess the spatiotemporal dynamics of DENV-4 Genotype IIB in São Paulo, Brazil. FINDINGS The dispersal dynamics of DENV-4 Genotype IIB in Brazil indicated Rio de Janeiro and Mato Grosso states as the most likely routes toward São Paulo before the 2012-2013 outbreak. Likewise, Guarujá and São José do Rio Preto facilitated viral spread and transmission to other localities in the South and Southeast macro-regions in Brazil. CONCLUSIONS The spread pattern of DENV-4 Genotype IIB strains across the country supports two independent introductions of the virus in São Paulo in a short period of time. Furthermore, São Paulo appears to have played a pivotal role in the dissemination of DENV-4 to other locations in Brazil.

Frequência dos alelos do sistema antígeno leucocitário humano em doadores e pacientes pré-transplante de medula óssea / Human leukocyte antigen alleles frequency in donors and pre-transplant patients from bone marrow

Introdução: O estudo da frequência dos alelos detectados nos doadores e pacientes previamente selecionados para o transplante de medula óssea permite estimar as reais chances de um paciente em lista de espera encontrar um doador com antígeno leucocitário humano (Human leucocite antigen; HLA) idêntico não relacionado, além de facilitar e direcionar o planejamento do crescimento do Registro Nacional deDoadores de Medula Óssea. Objetivo: Descrever e analisar afrequência dos alelos do sistema HLA de classe I (HLA-A, -B e -C) e classe II (HLA-DRB1 e -DQB1) de doadores e pacientespré-transplante de medula óssea, do Hospital de Câncer deBarretos. Material e Métodos: Um total de 98 amostras dedoadores e 106 amostras de pacientes foi selecionado comtipificações em alta resolução, no período de outubro de 2014a outubro de 2015. As amostras foram tipificadas para os lociHLA-A, -B, -C, -DR e -DQ. Resultados: O predomínio daraça branca reflete a composição étnica do Brasil. As doençasde base mais comuns que levaram o paciente ao transplanteforam a leucemia aguda linfóide (34%) e mieloide (29,2%).Os grupos alélicos mais frequentes nos registros foramA*02, A*24, A*03, A*01, B*35, B*44, C*07, DQB1*03,DQB1*05, DQB1*06, DRB1*01 e DRB1*13. Conclusão: Osresultados encontrados reforçam a importância de conhecero perfil demográfico e imunogenético das regiões do Brasil,contribuindo desta forma na redução do tempo de espera porum doador histocompatível

Introduction: The study of allele frequencies detected in donors and patients previously selected for bone marrow transplantation allows us to estimate the real chances of a patient in the waiting list to find an Human leucocite antigen (HLA) identical unrelated donor. This also facilitates and drives the growth planning of the Brazilian Registry of planning Bone Marrow Transplantation (REDOME). Objective: Describe and analyze the frequency of HLA class I alleles (HLA-A*, -B* and ­C*) and class II alleles, genotypes, and haplotypes(HLA-DRB1* and -DQB1*) from donors and bone marrowpre-transplant patients. Material and Methods: A total of 98donor samples and 106 patient samples were selected withhigh resolution typing, from October 2014 to October 2015.Samples were typed for HLA-A, -B, -C, -DR and -DQ loci.Results: The predominance of the white race reflects theethnic composition of Brazil. The most common underlyingdiseases that led to transplantation patients were acutelymphoid leukemia (34%) and myeloid (29.2%). The mostfrequent allelic groups were A*02, A*24, A*03, A*01, B*35,B*44, C*07, DQB1*03, DQB1*05, DQB1*06, DRB1*01 andDRB1*13. Conclusion: The results reinforce the importanceof understanding the demographic and immunogenic profilefrom Brazilian Regions. This can contribute to the reduction ofwaiting time for a histocompatible donor.

Influência da dislipidemia no surgimento e agravamento de cardiopatias em adultos na cidade de Barretos-SP / Influence of dyslipidemia in appearance and heart diseases o escalation in adults in Barretos-SP city

Objetivo ­ Verificar a influência da dislipidemia no surgimento e agravamento de cardiopatias em adultos na cidade de Barretos-SP. Métodos ­ Foi efetuado um estudo exploratório, através de pesquisa bibliográfica e levantamento de dados de prontuários do Ambulatório Médico de Especialidades de Barretos (AME) e Hospital São Jorge, ambos situados no município de Barretos, e retrospectivo, referentes ao período entre fevereiro de 2015 a agosto de 2015. Resultados ­ Foram analisados os dados de 86 pacientes, sendo 37 homens (43,02%) e 49 mulheres (56,97%). A faixa etária variou de 31 a 88 anos (média de 59,10 anos de idade). Dentre o total de pacientes, 19 (22,09%) apresentaram dislipidemia, 13 (15,11%) cardiopatia, 45 (52,32%) dislipidemia associada a cardiopatia e nove (10,46%) não apresentaram nenhuma alteração. Conclusões ­ Conforme os resultados obtidos no presente estudo, bem como o que foi descrito na literatura, confirmou-se que a dislipidemia pode ser avaliada como um significativo fator de risco para as cardiopatias, sendo capaz de influenciar o surgimento e o agravamento dessas patologias na população. Descritores: Cardiopatias; Fatores de risco

Objective ­ To investigate the effect of dyslipidemia in the emergence and worsening of heart disease in the population. Methods ­ We performed an exploratory study through literature search and data collection outpatient Barretos Medical Specialties (AME) and St. George Hospital, both located in the city of Barretos, and retrospective, covering the period from February 2015 to August 2015. Results ­ We analyzed data from 86 patients, 37 men (43.02%) and 49 women (56.97%). The age range was 31-88 years (mean 59.10 years old). Among the total patients, 19 (22.09%) had dyslipidemia, 13 (15.11%) disease, 45 (52.32%) dyslipidemia associated with heart disease and nine (10.46%) showed no change. Conclusion ­ According to the results obtained in this study, as well as what was described in the literature, it was confirmed that dyslipidemia can be assessed as a significant risk factor for heart disease, being able to influence the emergence and worsening of these diseases in population. Descriptors: Cardiac disorders; Risk factors

Zika detection: comparison of methodologies

ABSTRACT Many countries in the Americas have detected local transmission of multiple arboviruses that cause febrile illnesses. Therefore, laboratory testing has become an important tool for confirming the etiology of these diseases. The present study aimed to compare the sensitivity and specificity of three different Zika virus detection assays. One hundred serum samples from patients presenting with acute febrile symptoms were tested using a previously reported TaqMan® RT-qPCR assay. We used a SYBR® Green RT-qPCR and a conventional PCR methodologies to compare the results. Of the samples that were determined to be negative by the TaqMan® RT-qPCR assay, 100% (Kappa = 0.670) were also found to be negative by SYBR® Green RT-qPCR based on Tm comparison; however, 14% (Kappa = 0.035) were found to be positive by conventional PCR followed by agarose gel electrophoresis. The differences between the ZIKV strains circulating worldwide and the low viremia period can compromise diagnostic accuracy and thereby the accuracy of outbreak data. Therefore, improved assays are required to improve the diagnosis and surveillance of arbovirus.

Avaliação fenotípica e genotípica dos genes HLA LOCI (A*, B*, C*, DRB1* e DQB1*) dos doadores e pacientes pré-TMO do hospital de câncer de Barretos-SP / Phenotipic evaluation and genotypic genes HLA LOCI (A*, B*, C*, DRB1* and DQB1*) donor and patients in pre-BMT Barretos cancer hospital São Paulo state

Objetivo ­ Descrever e analisar a frequência dos alelos, genótipos e haplótipos HLA de classe I (HLA-A, -B e -C) e classe II (HLA-DRB1 e -DQB1) dos pacientes na fase pré-transplante de medula óssea, genotipados no laboratório de Imunogenética-HLA do Hospital de Câncer de Barretos. O estudo da frequência dos alelos detectados nos doadores e pacientes previamente selecionados para o transplante de medula óssea permite estimar as reais chances de um paciente em lista de espera encontrar um doador HLA idêntico não relacionado, além de facilitar e direcionar o planejamento do crescimento do Registro. Métodos ­ Os dados foram obtidos através da técnica de amplificação em cadeia de polimerase e para a genotipagem dos alelos dos genes A, B, C, DRB1 e DQB1 foi empregado o método de sequenciamento de nucleotídeos. Resultados ­ Entre outubro de 2014 a outubro de 2015 foram tratados 106 pacientes e 98 doadores de medula óssea cadastrados. As doenças de base mais comuns que levaram o paciente ao transplante foram as leucemias agudas linfóides (34%) e mielóides (29,2%). A caracterização imunogenética dos pacientes na fase pré-transplante de medula óssea mostrou um total de 19 alelos do loco A, 24 do loco B, 14 do loco C, 5 do loco DQ, 13 do loco DR; já nos dadores de medula óssea, 16 alelos do loco A, 25 do loco B, 13 do loco C, 5 do loco DQ e 12 do loco DR. Conclusão ­ Os grupos alélicos mais frequentes nos registros foram A*02, A*24, A*03, A*01, B*35, B*44, C*07, DQB1*03, DQB1*05, DQB1*06, DRB1*01 e DRB1*13. Apenas o conhecimento da frequência do tipo HLA específico do paciente na população não garante que ele encontre o doador compatível, é necessário também que o portador desse tipo HLA se encontre cadastrado no REDOME como doador voluntário.

Objective ­ Describe and analyze the frequency of the alleles, genotypes, and haplotypes HLA class I (HLA-A*, -B* and ­C*) and class II (HLA-DRB1* and -DQB1*) of patients in the bone marrow before transplantation phase genotyped in laboratory of ImmunogeneticsHLA Barretos Cancer Hospital. The study detected the frequency of alleles in patients and donors selected for bone marrow transplantation allows to estimate the real chances of a patient on the waiting list to find an unrelated HLA-identical donor, and to facilitate and direct the Brazilian Registry of planning Bone Marrow Transplantation (REDOME). Methods ­ The data were obtained by amplification using polymerase chain, and for genotyping the alleles of the genes A, B, C, DRB1 and DQB1 was employed nucleotide sequencing method. Results ­ From October 2014 to October 2015 were treated 106 patients and 98 donors registered bone marrow. The most common underlying diseases that led to transplantation patients were acute lymphoid leukemias (34%) and myeloid (29.2%). Immunogenetics characterization of patients in the bone marrow pre-transplant phase showed a total of 19 alleles at the A loci, 24 in B loci, 14in C loci, 5 in DQB1 loci and 13 in DRB1 loci; already in the bone marrow donors, 16 alleles at the A loci, 25 in B loci, 13 in C loci, 5 in DQB1 loci and 12 in DRB1 loci. Conclusion ­ The most frequent allelic groups were A*02, A*24, A*03, A*01, B*35, B*44, C*07, DQB1*03, DQB1*05, DQB1*06, DRB1*01 and DRB1*13. Knowledge of the frequency of HLA genes patients are not enough to find a compatible donor, it is necessary that the record contains the donor available

A real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction for detection and quantification of Vesiculovirus

Vesiculoviruses (VSV) are zoonotic viruses that cause vesicular stomatitis disease in cattle, horses and pigs, as well as sporadic human cases of acute febrile illness. Therefore, diagnosis of VSV infections by reliable laboratory techniques is important to allow a proper case management and implementation of strategies for the containment of virus spread. We show here a sensitive and reproducible real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) for detection and quantification of VSV. The assay was evaluated with arthropods and serum samples obtained from horses, cattle and patients with acute febrile disease. The real-time RT-PCR amplified the Piry, Carajas, Alagoas and Indiana Vesiculovirus at a melting temperature 81.02 ± 0.8ºC, and the sensitivity of assay was estimated in 10 RNA copies/mL to the Piry Vesiculovirus. The viral genome has been detected in samples of horses and cattle, but not detected in human sera or arthropods. Thus, this assay allows a preliminary differential diagnosis of VSV infections.

Evaluation and optimization of SYBR Green real-time reverse transcription polymerase chain reaction as a tool for diagnosis of the Flavivirus genus in Brazil

Abstract: INTRODUCTION: The genus Flavivirus includes several pathogenic species that cause severe illness in humans. Therefore, a rapid and accurate molecular method for diagnosis and surveillance of these viruses would be of great importance. Here, we evaluate and optimize a quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) method for the diagnosis of the Flavivirus genus. METHODS: We evaluated different commercial kits that use the SYBR Green system for real-time RT-PCR with a primer set that amplifies a fragment of the NS5 flavivirus gene. The specificity and sensitivity of the assay were tested using twelve flaviviruses and ribonucleic acid (RNA) transcribed from the yellow fever virus. Additionally, this assay was evaluated using the sera of 410 patients from different regions of Brazil with acute febrile illness and a negative diagnosis for the dengue virus. RESULTS: The real-time RT-PCR amplified all flaviviruses tested at a melting temperature of 79.92 to 83.49°C. A detection limit of 100 copies per ml was determined for this assay. Surprisingly, we detected dengue virus in 4.1% (17/410) of samples from patients with febrile illness and a supposedly negative dengue infection diagnosis. The viral load in patients ranged from 2.1×107to 3.4×103copies per ml. CONCLUSIONS: The real-time RT-PCR method may be very useful for preliminary diagnoses in screenings, outbreaks, and other surveillance studies. Moreover, this assay can be easily applied to monitor viral activity and to measure viral load in pathogenesis studies.

Conhecimento de estudantes universitários em relação ao HIV/AIDS / Knowledge of college students related to the HIV/AIDS

Objetivo ­ Levantar o conhecimento de estudantes universitários em relação ao HIV. A Síndrome da Imunodeficiência Humana (AIDS) é uma doença infecciosa causada pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV). Sua transmissão ocorre através dos líquidos corporais, sendo a relação sexual sem o uso de preservativo a principal via de contágio. Apesar do HIV ser conhecido desde o século passado, a falta de informação ainda é grande, o que gera preconceitos e constante aumento no número de notificações. Métodos ­ Foi realizado um estudo descritivo por meio dos dados obtidos da aplicação do questionário em 169 graduandos do curso de Biomedicina e Farmácia da Universidade Paulista. Resultados ­ As questões básicas em relação à transmissão do vírus HIV tiveram alto índice de acertos, atingindo a totalidade em um dos itens. Já em relação ao conteúdo específico, o número de acertos foi menor, chegando a 34,9% a respeito do exame ou método para identificação do vírus. 29% já realizam a sorologia para o vírus, 32,5% pretendem realizar o exame e 4,7% tiveram algum tipo de acidente com material biológico. Conclusão ­ Por meio dos dados obtidos, verificou-se que a maioria dos estudantes apresenta um conhecimento adequado em relação às formas de transmissão e prevenção do Vírus da Imunodeficiência Humana. Contudo, o conhecimento a respeito da detecção do HIV é pequeno e o interesse em realizar o teste anti-HIV é baixo.

Objective ­ To raise the knowledge of the college students in relation to HIV. The Acquires Immunodeficiency Syndrome (AIDS) is an infectious disease caused by the Human Immunodeficiency Virus (HIV). Its transmission occurs by the body fluids, with the sexual relation without protection as the main way of contagion. Despite HIV has been known since last century, the lack of information is still big, what causes prejudice and constant growth in the notification number. Methods ­ It was accomplished a descriptive study with the obtained data of the application of the questionnaire in 169 undergraduate students of Biomedicine and Pharmacy, University Paulista. Results ­ The basic issues related to the transmission of the HIV virus had a high level of hits achieving the totality in one of the items. In relation to the specific content, the number of hits was smaller, reaching 34.9% about the exam or method of the virus identification. 29% already held serology for the virus, 32.5% intend to carry out the examination and 4.7% had some kind of accident with biological material. Conclusion ­ By the obtained data, it was verified that most of the students own a suitable knowledge about the ways of transmission and prevention of Human Immunodeficiency Virus. However, the knowledge about the HIV detection is small and the interest in doing the test anti-HIV is low.

Prevalência de pseudomonas aeruginosa em águas e superfície / Prevalence of pseudomonas aeruginosa in water and surface

Objetivo ­ Investigar a prevalência da bactéria Pseudomonas aeruginosa em amostras de água e superfície anteriormente coletadas em uma empresa privada, localizada no noroeste do estado de São Paulo e determinar a suscetibilidade desse microrganismo frente a diferentes antimicrobianos. Métodos ­ Foram coletadas amostras de água e swab de superfície em um incubatório de matrizes situado no noroeste do estado de São Paulo. Para o isolamento, foram realizadas técnicas de semeadura e posteriormente a técnica de identificação do pigmento piocianina através da luz ultravioleta. Quanto ao perfil de resistência, as cepas foram submetidas a testes de antibiogramas com os antibióticos enrofloxacina, ciprofloxacina, norfloxacina, colistina, sulfametazol e trimetropim, fosfomicina, gentamicina, neomicina, estreptomicina, tetraciclina, doxiciclina, amoxilina, ceftiofur para verificação da susceptibilidade frente aos antibióticos. Resultados ­ Foram analisadas o total de 402 amostras, sendo que 21 delas apresentaram positividade para P. aeruginosa. As amostras analisadas apresentaram resistência ou resistência intermediária a pelo menos uma classe de antimicrobiano testado. Conclusões ­ Os resultados obtidos no presente trabalho mostram a capacidade que a Pseudomonas aeruginosa tem de sobreviver em locais úmidos, com condições mínimas de nutrientes, mesmo quando submetida a higienização constante, além do amplo perfil de resistência observado frente aos diversos fármacos empregados no tratamento das infecções causadas por este patógeno.

Objective ­ Investigate the prevalence of the bacteria Pseudomonas aeruginosa in water samples and surface collected earlier in a private company, located in the northwest of the state of São Paulo and determine the susceptibility of this microorganism to different antimicrobials. Methods ­ Water samples and swabs were collected from surface in a hatchery located in the northwestern state of São Paulo. For isolation, seeding techniques were performed to identify the pigment pyocyanim by ultraviolet light. Regarding the resistance profile, the strains were submitted to antibiotic susceptibility test with antibiotics enrofloxacin, ciprofloxacin, norfloxacin, colistin, sulfametazol and trimethoprim, fosfomycin, gentamicin, neomycin, streptomycin, tetracycline, doxycycline, amoxicillin, ceftiofur. Results ­ A total of 402 samples were analyzed, and 21 of them were positive for P. aeruginosa. The samples showed resistance or intermediate resistance to at least one class of antimicrobial tested. Conclusions ­ The results obtained in this study show the ability of Pseudomonas aeruginosa has to survive in humid, with minimum conditions of nutrients, even when subjected to constant cleaning, in addition to broad resistance profile seen across the various drugs used in the treatment of infections caused by this pathogen.

Isolamento e identificação de fungos filamentosos em peças anatômicas conservadas em formol / Isolation and identification of filamentous fungi in anatomical parts preserved in formol

Objetivo ­ Isolar e identificar os fungos filamentosos encontrados em peças anatômicas, conservadas em solução de formol. Métodos ­ As amostras fúngicas foram coletadas com o auxílio de swab embebido em solução salina estéril, diretamente dos tanques contendo as peças anatômicas estocadas em solução de formol a 10%. Os oito isolados foram semeados em placas de Petri contendo ágar Sabouraud Dextrose e ágar Batata Dextrose. Para a identificação das amostras foram realizadas análises macroscópicas e microscópicas das colônias características de fungos filamentosos. Resultados ­ Foram isolados os fungos Aspergillus spp, Aureobasidium spp, Cladosporium spp e Penicillium spp nas peças anatômicas analisadas. Conclusão ­ É recomendada aos alunos, professores e técnicos a proteção pessoal do sistema respiratório com máscaras, bem como o uso obrigatório de luvas, já que tanto os fungos como o formol presentes no ambiente são relacionados como indutores de problemas de saúde em ambientes escolares.

Objectives ­ Isolate and identify filamentous fungi found in anatomical specimens preserved in formalin. Methods ­ Fungal samples were collected with the aid of swabs moistened with sterile saline, directly from the tanks containing the anatomical specimens stored in formalin 10%. The eight isolates were grown in Petri dishes containing Sabouraud Dextrose Agar and Potato Dextrose. For sample identification macroscopic and microscopic analyzes of the characteristic colonies of filamentous fungi were performed. Results ­ Fungi Aspergillus spp, Aureobasidium spp, Cladosporium spp and Penicillium spp in anatomical samples analyzed were isolated. Conclusion ­ It is recommended to students, teachers and technical personnel to protect the respiratory system with masks, as well as the mandatory use of gloves, since both fungi like formaldehyde present in the environment, are related to induce health problems in school environments.

Onicomicoses: estudo epidemiológico e micológico no município de São José do Rio Preto, SP / Onychomycosis: epidemiological and mycological study in the municipality of São José do Rio Preto, SP

Objetivo ­ Descrever a natureza do agente causal das onicomicoses, assim como analisar a distribuição dos casos de onicomicoses de acordo com os dados demográficos dos pacientes e os principais agentes etiológicos. Métodos ­ Baseado em uma metodologia indutiva e dedutiva onde através da realização do estudo descritivo foi possível realizar um levantamento de dados sobre exames micológicos (realizados no período de abril de 2006 a outubro de 2012) contidos em prontuários pertencentes ao banco de dados do Laboratório de Microbiologia da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, SP. Resultados ­ Quinhentos e oitenta e nove exames micológicos foram realizados, sendo 72% (426/589) positivos para diagnóstico laboratorial de onicomicose, 77% dos pacientes com onicomicose eram mulheres. A faixa etária mais acometida foi entre 36 e 60 anos. A levedura Candida parapsilosis e o fungo filamentoso Trichophyton rubrum foram os principais agentes causadores de onicomicose. Conclusão ­ O conhecimento da etiologia da onicomicose fornecida pelo presente estudo, na região de São José do Rio Preto permitirá constituir medidas de controle dessa infecção, diminuindo a recidivas e otimização no tratamento.

Objective ­ Describe the nature of the causal agent of onychomycosis, as well as analyze the distribution of cases of onychomycosis according to patient demographics and the main etiological agents. Methods ­ Based on an inductive and deductive where by conducting a descriptive study methodology was possible to survey data on mycology (conducted from April 2006 to October 2012) contained in records belonging to the database of the Laboratory of Microbiology, Faculty of Medicine of São José do Rio Preto, SP. Results ­ Five hundred eight-nine mycological exams were performed, 72% (426/589) were positive for laboratory diagnosis of onychomycosis. 77% of patients with onychomycosis were women. The most affected age group was between 36 and 60 years. The yeast Candida parapsilosis and filamentous fungus Trichophyton rubrum were the main causative agents of onychomycosis. Conclusion ­ The knowledge of the etiology of onychomycosis provided by this study, in the region of São José do Rio Preto will be measures to control this infection, reducing relapses and treatment optimization.

Co-infection ofddengue virus by serotypes 1 and4 in patient from medium sized city from Brazil / Co-infeccao por virus dengue, sorotipos 1 e 4, em paciente de cidade de porte medio no Brasil

SUMMARY The natural co-infection with dengue virus can occur in highly endemic areas where different serotypes have been observed for many years. We report one case of DENV-1/DENV-4 co-infection in human serum detected by molecular tests. Phylogenetic analysis of the sequences obtained indicated the presence of genotype V and II for DENV-1 and DENV-4, respectively. .

RESUMO A co-infecção por dengue vírus pode ocorrer em áreas com circulação endêmica, nas quais diferentes sorotipos vêm circulando durante muitos anos. Neste trabalho relatamos um caso de co-infecção por DENV-1/DENV-4 em soro humano, detectado por testes moleculares. Análises filogenéticas das sequências obtidas indicaram a presença do genótipo V e II de DENV-1 e DENV-4, respectivamente. .

Contaminação por fungos antes e após limpeza e desinfecção de colchões hospitalares / Fungal contamination of hospital mattresses before and following cleaning and disinfection

OBJETIVO: Verificar se existe contaminação por fungos antes e após limpeza e desinfecção terminal de colchões hospitalares utilizados por portadores de candidemia. MÉTODOS: Estudo transversal que investigou 25 colchões de diferentes unidades hospitalares e utilizados por pacientes com candidemia, confirmados por hemocultura. Utilizou-se amostragem por conveniência. Após crescimento em Ágar Sabouraud Dextrose as leveduras isoladas foram identificadas pelas características macroscópicas, microscópicas e fisiológicas. RESULTADOS: Totalizou-se 15 (60%) colchões contaminados com Candida spp. Desse total, 10 (66,7%) e cinco (33,3%) corresponderam respectivamente à coleta antes e após a desinfecção dos colchões, sendo que a espécie mais frequentemente isolada foi Candida parapsilosis. CONCLUSÃO: Considerando que a metade dos colchões permaneceram contaminados após o processo de limpeza e desinfecção, pode-se inferir sobre o risco destes atuarem como reservatórios secundários na cadeia de infecção.

OBJECTIVE: To verify the existence of fungal contamination prior to and following the cleaning and disinfection process of hospital mattresses used by patients with Candidemia. METHODS: Cross-sectional study analyzing 25 mattresses used by patients with Candidemia confirmed by blood culture from different hospital wards. The study made use of convenience samples. After growing the samples in an Agar Sabouraud Dextrose environment, isolated yeasts were identified by macroscopic, microscopic and physiologic characteristics. RESULTS: Analyses showed 15 (60%) mattresses contaminated by Candida spp. From these, 10 (66.7%) and five (33.3%) mattresses corresponded respectively to the collection prior to and following disinfection, with Candida parapsilosis being the isolated species with the highest frequency. CONCLUSION: Considering that half of the mattresses remained contaminated after cleaning and disinfection, there is a risk that these mattresses may act as potential secondary reservoirs in the infection chain.